使用STAR（https://github.com/alexdobin/STAR?tab=readme-ov-file）将RNA-seq的reads比对到参考基因组上，比对对象是已经经过过滤后的文件
一、准备
（1）安装软件
1）二进制安装
STAR_2.7.11b.zip
环境变量处理
2）conda 安装
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| conda create -n myenv
conda activate myenv
conda install -c bioconda star
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过程
（1）生成索引文件（耗时巨大）
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| STAR \
--runThreadN 12 \
--genomeDir /data1/caoronglin/data/human \
--readFilesIn /data1/caoronglin/data/human/data/GM12878/results/trimmed/ENCFF481BWJ_trimmed.fq.gz \
--outFileNamePrefix /data1/caoronglin/data/human/output/ENCFF481BWJ_ \
--outSAMtype BAM SortedByCoordinate \
--outFilterType BySJout \
--outFilterMultimapNmax 20 \
--alignSJoverhangMin 8 \
--alignSJDBoverhangMin 1 \
--outSAMattrRGline "ID:GM12878 SM:GM12878 LB:library1 PU:unit1 PL:ILLUMINA" \
--outSAMmapqUnique 60 \
--limitBAMsortRAM 20000000000 \
--readFilesCommand "zcat" \
--outReadsUnmapped Fastx \
--quantMode GeneCounts \
--sjdbOverhang 99
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（2）开始比对
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| STAR \
--runThreadN 12 \
--genomeDir /data1/caoronglin/data/human \
--readFilesIn /data1/caoronglin/data/human/data/GM12878/results/trimmed/ENCFF974EKR_trimmed.fq.gz \
--outFileNamePrefix /data1/caoronglin/data/human/output/ENCFF974EKR_ \
--outSAMtype BAM SortedByCoordinate \
--outFilterType BySJout \
--outFilterMultimapNmax 20 \
--alignSJoverhangMin 8 \
--alignSJDBoverhangMin 1 \
--outSAMattrRGline ID:GM12878 SM:GM12878 LB:library1 PU:unit1 PL:ILLUMINA \
--outSAMmapqUnique 60 \
--limitBAMsortRAM 20000000000 \
--readFilesCommand zcat \
--outReadsUnmapped Fastx \
--quantMode GeneCounts \
--sjdbOverhang 99 \
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（3） 比对结果
ENCFF974EKR_Log.final.out.txt
ENCFF824LLV_Log.final.out.txt
