附录二 工具速查
⚠️ 本附录不列版本号。本书成稿于 2026 年，而下列工具版本迭代很快；
任何”当前版本”的说法都会在交付后迅速过期。使用前请以各项目官方文档为准。
本附录只回答”这个工具解决什么问题、在本书哪一章讲过”。
A 命令行与流式处理
| 工具 | 解决什么 | 对应章 |
|---|---|---|
awk |
按列处理表格、字段提取、流式统计 | ch34 |
sed |
逐行替换、抽取 | ch34 |
grep |
模式筛选 | ch34 |
sort / uniq |
排序与去重计数 | ch34 |
tr |
字符替换 | ch34 |
ssh |
远程登录 | ch34 |
git |
脚本与文档的版本控制 | ch34 |
B 序列与基因组文件
| 工具 | 解决什么 | 对应章 |
|---|---|---|
samtools |
BAM/SAM 读写、排序、索引、统计 | ch34 |
bedtools |
区间集合运算（并、交、差） | ch34 |
tabix |
大文件的随机访问索引 | ch34 |
SQLite |
结构化元数据的轻量存储与查询 | ch34 |
C 序列分析
| 工具 | 解决什么 | 对应章 |
|---|---|---|
| BLAST | 数据库相似性搜索 | ch06 |
| FASTA（算法） | 敏感度更高的数据库搜索 | ch06 |
| Needleman–Wunsch | 全局比对 | ch06、ch22 |
| Smith–Waterman | 局部比对 | ch06、ch22 |
| PAM / BLOSUM | 打分矩阵 | ch06、ch24 |
D 单细胞
E Python 与 Biopython
| 工具 | 解决什么 | 对应章 |
|---|---|---|
| Python | 脚本语言基础 | ch43 |
| Biopython | 序列、注释、结构、比对相关库 | ch43 |
Biopython SeqIO |
序列文件读写 | ch43 |
Biopython SeqRecord / SeqFeature |
序列与注释对象 | ch43 |
F 机器学习
| 工具 | 解决什么 | 对应章 |
|---|---|---|
| DeepChem | 分子机器学习任务框架 | ch51 |
| SMILES | 分子线性文本表示 | ch53 |
| 图神经网络 | 分子图表示学习 | ch53 |
| 自监督预训练 | 无标注数据上学习表示 | ch53 |
| 分子对接 | 蛋白-配体结合构象预测 | ch53 |
G 画图与文档
| 工具 | 解决什么 | 对应章 |
|---|---|---|
| ggplot2 | R 的图形系统 | ch39 |
| MyST | 本书的构建工具链 |
H 关于版本的一句话
本书刻意不给版本号。理由不是偷懒，而是：在这些工具上，
“照着某个版本的文档做”本身就是可复现性的敌人。
第四编整本书讲的正是这件事——正确的做法是锁定你自己的环境，
而不是依赖一本书里的版本号。参见 ch46 关于环境锁定的说明。